El Consejo Consultivo tiene un carácter no vinculante y se conforma por 3 representantes de la sociedad civil, 7 representantes de organizaciones de niños, niñas y adolescentes, y 3 representantes de Universidades. En su composición no interviene el Ejecutivo, ni otros poderes del Estado, a fin de preservar el carácter autónomo de la entidad. Las funciones del Consejo Consultivo son: a) Asesorar a la Defensora en todas aquellas cuestiones de competencia de la Defensoría de la Niñez en que resulte pertinente requerir el pronunciamiento de la sociedad civil para su adecuada resolución;
b) Generar propuestas de intervención o acción de la Defensoría de la Niñez; c) Recibir propuestas de la sociedad civil relacionadas con el ejercicio del rol y atribuciones de la Defensoría de la Niñez;
d) Canalizar las opiniones de la sociedad civil respecto del rol y atribuciones de la Defensoría de la Niñez.

La iniciativa se compone de tres consultorios destinados a atender migrantes o refugiados, los Consultorios de Migrantes 1 (2006) y 2 (2016) se enfocan en tramitar solicitudes de regularización migratoria a través de la interposición de recursos administrativos y de recursos judiciales en contra de órdenes de expulsión, asimismo, recursos en favor de personas a quienes se les ha negado la posibilidad de solicitar refugio en nuestro país, y el Consultorio de Migrantes 3 (2019), además de realizar la misma actividad que los otros dos, trabaja en temas laborales para migrantes y refugiados y ha efectuado un importante trabajo ante los órganos administrativos de mediación, como Juzgados del Trabajo y de Cobranza Laboral.